邵荣是朱元璋在最早起事时的老伙伴，他在明军将领中居位，但他并非赫赫有名。邵荣从苗人手里收复州是他近几年来第一次独立作战的结果，当邵大将军的战功不被明军中的大分人承认的时候，他滋生了叛逆的情绪。

1363年，陈友谅集结新的舰队卷土重来，他预备重现1360年汉军自长江溯而下的辉煌，可惜事与愿违，这次他被围困南昌城三个月，并且他的军在鄱湖被全摧毁。

次年，也就是公元1364年，朱元璋开始推行一全新的标准的军队编制表，他将过去野战军中各翼元帅府改称为‘卫’。‘卫’的编制为五千人，再分成一千人一组的千所，千所再拆分成百人一组的百所。

1363年10月30日，陈友谅在湖被杀亡，他被箭穿了睛。

常遇领兵攻下武昌，湖南湖北余下的州府闻风投降。后杨靖镇守武昌，徐达和常遇合力围攻庐州，左君弼逃走，在安丰与扩廓帖木儿兵合一。

潜伏在南京城中的情报人员揭发了这两位叛将的谋，朱元璋征询其他将军的意见，常遇的格有些自大和急躁，他直接说：“该杀。”

明汉的决战就这样结束了，陈友谅的幼陈理被陈友谅余张定边带走，他在逃回武昌的时候，让陈理登上帝位。

1364年明军改制，在明军中服役的老兵，即朱元璋在攻打陈友谅的时候亲自带领过的主力士兵被分派成17个卫，这个集团的老兵被准许可以完全退休。其他队的人则被派去南京地区搞军屯

1363年，朱元璋麾下一位将领不知自己旗下有多少人，朱元璋因此而生气。

邵荣和赵继祖被死，从此明军的级将领都开始各抒己见，自由发表心中意见。

1364年，明汉胜负已分，张士诚接着就成了明军的死敌。当明军的主力队在长江南岸四征讨之时，张士诚心意不决，漏过了一次又一次现的天赐良机。

邵荣与赵继祖发动政变，他们打算在朱元璋领明军回朝的时候杀了他。当天他们关上城门，准备杀朱元璋，可惜大风刮起，朱元璋的被城门一面旗帜裹住，朱元璋不喜这个预兆，于是换了个城门城。

队指挥官都要放弃原有的称呼和荣誉爵位，现在的人统一接受新的军衔。朱元璋明确允许卫以下的军衔世袭，军世袭制同时也承袭了元代的兵制。

这一仗明军俘虏汉军师五万人，最后朱元璋携陈友谅师舰队和战俘回到南京。

陈友谅死了，朱元璋致力于收复和吞并过去属于汉政权的土地，其中包括江西和湖广。

等朱元璋消灭陈友谅班师回朝的时候，其他二的武装割据政权反应各有不同，这些人包括决和朱元璋对的陈有定，四川的明玉珍愿意和明政权缔结友好盟约，而方国珍则给朱元璋贡，朱元璋在接受贡品的同时，向方国珍下发最后通牒：等明军攻占杭州，你在规定的日内俯首称臣。

城垣，安庆重新归置于明军控制之下，并且可以保护明军的心脏位置——南京。